苗医学将自然界中树、土、水三者的牵连关系用于类比人体三大功能区域之相互作用关系，即把人体从上到下依次划分为三大功能区域，分别称为树界、土界和水界。

　　树界是指人体锁骨以上的组织器官，包括脑、命窟（卤门）、光窟（眼）、声窟（耳）等，是人体最重要的功能区域；土界是指颈部向下至肚脐之上的胸腹部组织器官，包括心、肝、脾、胃、肠等架组器官，土界的脏腑器官同蕴育万物的土壤一样，为人体源源不断地提供人体生长、发育、生活所需的营养物质；水界是指人肚脐之下指大腿以上的功能器官，主要包括人体肾架和性架，水界能调理人体水道，排出水液，酝酿男精女液，滋养维护人体本源之精华。苗族传有“树为生命之精，土为生命之基，水为生命之源”的歌诀。

　　苗医学三界论认为，人体树界、土界和水界三者之间维持着相互需要、相互依存、相互制约的动态平衡，从而保持各自功能区域中架组的正常生理功能，维护人体健康。苗医在诊疗疾病时，运用三界论思想来指导临床用药，如其治疗法中有“补水养树”、“通灵调水法”和“整树固土法”等。